Przypadki śmiertelnego zapalenia płuc u górników w Mojiang (2012) i kopalniany szyb mogą dostarczyć ważnych wskazówek o pochodzeniu SARS-CoV-2

Oryginalny tytuł: “Lethal Pneumonia Cases in Mojiang Miners (2012) and the Mineshaft Could Provide Important Clues to the Origin of SARS-CoV-2”

Autorzy: Monali C. Rahalkar (C2, Bioenergy Group, MACS Agharkar Research Institute, Pune, India), Rahul A. Bahulikar (BAIF Development Research Foundation, Central Research Station, Pune, India)

Data publikacji: 20 października 2020, Frontiers in Public Health.

Wstęp

Ponieważ pandemia COVID-19 osiąga swoje najgorsze szczyty, ludzie są zainteresowani pochodzeniem SARS-CoV-2. Nasze badania rozpoczęliśmy od postawienia dwóch ważnych pytań: po pierwsze, czy wystąpiły w Chinach podobne nietypowe ogniska zapalenia płuc, nawet na mniejszym poziomie, ogłoszone w okresie między epidemiami SARS w 2004 roku a COVID-19 w latach 2019/2020. Po drugie, badając beta-koronawirusa najbliżej spokrewnionego z SARS-CoV-2 na poziomie sekwencji genomu, szczep RaTG13 (CoV4991), który pobrano od podkowca (w rzędzie nietoperzy – Chiroptera), w prowincji Junnan, postawiliśmy pytanie, skąd on dokładnie pochodził.

Stwierdzono, że RaTG13/CoV4991 został zebrany z szybu kopalni Tongguan w Mojiang, prowincja Junnan w Chinach, w 2013 roku. Co zaskakujące, ten sam szyb kopalniany był również powiązany z poważną chorobą przypominającą zapalenie płuc u górników w 2012 roku, która zabiła trzech z sześciu chorych górników. Na stronie internetowej cnki.net znaleziono pracę magisterską (w języku chińskim), która szczegółowo opisywała ciężką chorobę górników. We wnioskach końcowych tej pracy stwierdzono, że przewidywanym czynnikiem sprawczym choroby był wirus podobny do SARS-CoV, pochodzący od nietoperzy chińskich (Rhinolophus).

Przebieg tych chorób był zdalnie monitorowany przez wybitnego pulmonologa w Chinach. Retrospektywna analiza przypadków zapalenia płuc pokazuje uderzające podobieństwa z COVID-19. Główne podobieństwa to obustronne zapalenie płuc, powikłania naczyniowe, takie jak choroba zakrzepowo-zatorowa płuc i wtórne infekcje. Schematy leczenia były podobne do obecnych metod leczenia COVID-19. Proponujemy przyjąć, że choroba górników szybu Mojiang może dostarczyć ważnych wskazówek dotyczących pochodzenia SARS-CoV-2. Przypadki te powinny być badane przez różnych naukowców, badaczy i lekarzy, ponieważ w tym kontekście pojawia się wiele ważnych pytań.

Podsumowanie w jednym wierszu

Śmiertelne zapalenie płuc u górników Mojiang i sama kopalnia może stanowić ważny ogniwo do badań nad pochodzeniem SARS-CoV-2.

Wprowadzenie

Globalna pandemia COVID-19 dotknęła obecnie ponad 26 milionów ludzi (październik 2020), a liczba ofiar śmiertelnych w wysokości 0,8 miliona, obejmująca 188 krajów i terytoriów. Podkowce (Rhinolphus sp.) uważane są za naturalnych żywicieli lub rezerwuary zespołu ciężkiej ostrej niewydolności oddechowej (Severe Acute Respiratory Syndrome) - SARS)-CoV i SARS-CoV-2, czynnika sprawczego obecnej pandemii COVID-19 (1). Podkowce zwykle zamieszkują prowincję Junnan, w południowej strefie podzwrotnikowej Chin (2), a Junnan jest również prawdopodobnym regionem pochodzenia SARS-CoV-2 (3).

Szyb w Mojiang związany ze śmiertelnymi przypadkami zapalenia płuc u górników (2012)

W naszych badaniach przestudiowano naukowo wszelkie doniesienia o przypadkach nietypowego zapalenia płuc obejmujące okres od 2004 do 2019 roku, czyli między epidemią SARS (1) a COVID-19. Zidentyfikowaliśmy przypadek opisany w dwóch czasopismach naukowych. Pierwsza wzmianka zawarta była w wywiadzie z dr Zhengli Shi, głównym naukowcem WIV, w czasopiśmie „Scientific American” (2). W wywiadzie tym Shi mówiła o szybie kopalnianym w Mojiang, gdzie w 2012 roku u sześciu górników wystąpiła śmiertelna choroba podobna do zapalenia płuc (2). Dyskusja wykazała, że ​​po wybuchu epidemii w kopalni odkryto zróżnicowaną grupę koronawirusów. Te śmiertelne przypadki zapalenia płuc zostały również omówione w wiadomościach medialnych, w tym w bardziej szczegółowo w artykule magazynu „Science” w 2014 roku (4).

W kwietniu 2012 roku u sześciu górników, którzy czyścili odchody nietoperzy z szybu kopalni miedzi w Mojiang, Junnan, doszło do choroby przypominającej zapalenie płuc, zabijając trzech z nich (4). Artykuł w „Science” opisuje, że paramyksowirus MojV został wyizolowany z próbki szczura w tej samej kopalni (4). W dwóch kolejnych pracach stwierdzono, że nie można ustalić bezpośredniego związku między zakażeniem ludzkim a MojV (4–6). W wywiadzie dla „Scientific American” dr Zhengli Shi podkreśla, że ​​grzyb był odpowiedzialny za zapalenie płuc u górników (2). W literaturze naukowej nie przedstawiono jednak szczegółowych informacji na ten temat, a przyczyna choroby górników pozostała tajemnicą.

Praca magisterska Li Xu na temat choroby „Zapalenie płuc u górników Mojiang”

W 2013 roku Li Xu opublikował pracę magisterską (7), w której szczegółowo opisał objawy, jakich doświadczyło sześciu pacjentów z zapaleniem płuc. Praca ta została odnaleziona przez użytkownika Twittera (@TheSeeker268), który wysłał nam (20 maja 2020) link po przeczytaniu naszego pre-printu (8). Dzieło to zostało znalezione na stronie cnki.net, która jest oficjalną stroną internetową prac magisterskich i doktoranckich w Chinach, stąd uważane jest za ważne źródło. Oryginalna praca jest po chińsku (7) i przetłumaczyliśmy ją za pomocą tłumacza Google. Obecnie profesjonalne tłumaczenie tej pracy magisterskiej zostało udostępnione online przez agencję badawczą, która aktualnie studiuje tą pracę (https://bioscienceresource.org/), (https://www.documentcloud.org/documents/6981198-Analysis-of-Six-Patients-With-Unknown-Viruses.html).

Według tej pracy, w kwietniu 2012 roku sześciu górników otrzymało zadanie usuwania odchodów i zanieczyszczeń po nietoperzach z szybu kopalni miedzi w Tongguan, Mojiang, Junnan. Po około 14 dniach pracy - w przypadku czterech górników, oraz po 4–5 dniach - w przypadku dwóch ostatnich górników, zaczęli oni mieć problemy z oddychaniem, kaszel i gorączkę, co wymagało natychmiastowego przyjęcia do szpitala w Kunming, co miało miejsce na przełomie kwietnia i maja 2012 (7). Trzech z tych górników zmarło w ciągu około 100 dni, a trzech przeżyło (Tabela 1A). W pracy magisterskiej znalazły się raporty medyczne, zdjęcia radiologiczne, takie jak tomografia komputerowa,   oraz  szczegółowe  informacje   dotyczące  diagnozowania  i  leczenia  górników  (7).

(https://www.documentcloud.org/documents/6981198-Analysis-of-Six-Patients-With-Unknown-Viruses.html).

Tab. 1A - Zestawienie sześciu pacjentów z zapaleniem płuc w 2012 roku [wg (7)]

Ciężkie zapalenie płuc i choroba u górników Mojiang, związane z podkowcami w kopalni Mojiang (7)

Głównymi objawami klinicznymi u sześciu pacjentów z kopalni Mojiang były kaszel i gorączka, a głównymi objawami towarzyszącymi były duszność, bóle kończyn, plwocina i plwocina krwawa oraz ból głowy. Szczegóły przebiegu choroby i diagnozy dla poszczególnych pacjentów podsumowano w Materiale uzupełniającym A.

U pierwszych czterech pacjentów radiografia wykazała śródmiąższowe zapalenie płuc, ogniskowe zacienienia typu matowej szyby i ciężki zespół ostrej niewydolności oddechowej (ARDS), którzy wymagali również respiratora mechanicznego (pacjenci 2–4). Niektórzy pacjenci (1, 2 i 4) wykazywali powikłania krzepnięcia, takie jak choroba zakrzepowo-zatorowa płuc lub zakrzepica oraz podwyższone wartości D-dimerów.

Dr Zhong Nanshan, lekarz chorób układu oddechowego i krajowy doradca ds. epidemii SARS i COVID-19, zapewnił zdalne konsultacje pacjentom 3 i 4, o najpoważniejszym stanie chorobowym. Pacjenci 3 i 4 pozostawali w szpitalu przez ponad 100 dni. Czterech pacjentów (1–4) miało bardzo niski wskaźnik utlenowania i sklasyfikowanych jako ARDS (Definicja Berlińska, 2012). Diagnoza dr. Nanshan dla pacjentów 3 i 4 to śródmiąższowe zapalenie płuc (głównie pochodzenia wirusowego), z możliwością wtórnego zakażenia (inwazyjna aspergiloza płuc).

Poprosił on o zbadanie wymazów i zbadanie przeciwciał SARS (do przeprowadzenia w WIV). Poprosił również personel szpitala o potwierdzenie przez Instytut Zoologii w Kunming typu nietoperza. Wyniki badań radiologicznych obejmowały rozlane zmętnienia matowego szkła i obszary obwodowej konsolidacji. We wnioskach pracy magisterskiej stwierdzono, że przypadki zapalenia płuc były spowodowane wirusowym zapaleniem płuc, głównie koronawirusami podobnymi do SARS, pochodzącymi od nietoperzy podkowca. Odsetek limfocytów, komórek T, B i NK zmniejszył się znacząco po przyjęciu pacjentów, co wskazuje na poważne uszkodzenie układu odpornościowego pacjentów przez infekcję wirusową. Później, po konsultacji z dr Zhong Nanshan (po około 19 czerwca 2012), próbki krwi wysłano do WIV w celu zbadania przeciwciał.

Rozdział w pracy doktorskiej Canping Huang (pod nadzorem dr. George Gao, obecnego dyrektora CDCP - Chinese Center for Disease Control and Prevention) również zwraca uwagę na te przypadki (9). Ttłumaczenie Rozdziału 3 dostarczane jest tutaj jako materiał uzupełniający. Zgodnie z tłumaczeniem tej pracy doktorskiej (linie 283–285, strona 9) - „wyniki badań krwi w czterech przypadkach wykazały, że: cztery osoby nosiły przeciwciała IgG przeciwko wirusowi SARS, z których dwie zostały wypisane z wyższym poziomem przeciwciał (pacjenci 5 i 6), a dwie hospitalizowane miał niższy poziom przeciwciał (pacjenci 3 i 4) - Instytut Wirusologii Wuhan, Chińska Akademia Nauk”.

Praca magisterska Xu i doktorska Huanga, oraz praca Ge et al. (10) - wszystkie one podają dominację w kopalni podkowców chińskich (Rhinolophus sinicus i Rhinolophus affinis). Instytut Zoologii w Kunming potwierdził również, że sześciu pacjentów miało kontakt z podkowcami chińskimi (gatunek Rhinolophus). Gatunki Rhinolophus są nosicielami koronawirusów podobnych do SARS (11). Analiza biochemiczna krwi pacjentów z zapaleniem płuc wykazała podwyższone markery, takie jak surowiczy amyloid A (SAA) z normalnym zakresem PCT (prokalcytonina), co sugerowało, że pacjenci mieli infekcję wirusową. Leczenie pacjentów z zapaleniem płuc obejmowało leki przeciwwirusowe (gancyklowir, zastrzyki z acyklowiru), steroidy (metyloprednizolon), antybiotyki (meropenem, wankomycyna itp.), leki przeciwgrzybicze (kaspofungina, flukonazol) i leki przeciwzakrzepowe (warfaryna, heparyna drobnocząsteczkowa). W tezie stwierdzono, że ciężkie zapalenie płuc u górników było spowodowane podobnym do SARS CoV z podkowca. Na uwagę zasługuje wniosek dr Nanshan, że zapalenie płuc górników Mojiang było głównie wirusowe i najprawdopodobniej było spowodowane koronawirusami związanymi z nietoperzami.

Kopalnia Mojiang i RaTG13

Po wybuchu epidemii WIV przeprowadził obserwację podłużną koronawirusów nietoperzy w kopalni Mojiang (10). W szybie znajdowało się sześć typów nietoperzy, z których najwięcej Rhinolophus sp. (podkowców), z których pobrano próbki. Próbki pobierano czterokrotnie w okresie od sierpnia 2012 r. do lipca 2013 r. W sumie wykryto 150 alfakoronawirusów i tylko dwa betakoronawirusy, z których tylko jeden był betakoronawirusem podobnym do SARS (CoV/4991) (10). Ten sam wirus 4991 został przemianowany na RaTG13, który jest kolejnym genetycznym krewnym SARS-CoV-2 (12).

Dyskusja

Retrospektywna analiza choroby u górników bardzo przypomina COVID-19 w następujących aspektach (Tab. 1B).

Tab. 1B - Cechy wspólne zaobserwowane u sześciu pacjentów z zapaleniem płuc i COVID-19.

1. Obraz radiologiczny obserwowany w tomografii komputerowej pacjentów z COVID-19 (13) i górników (7) jest bardzo podobny, co obejmuje zmętnienia matowej szyby, konsolidację obwodową i wyraźne oznaki obustronnego zapalenia płuc (charakterystyczne dla COVID-19 ). Jest to bardzo widoczne na stronach 25, 26 i 35, 37 w tłumaczeniu z następującego źródła: (https://www.documentcloud.org/documents/6981198-Analysis-of-Six-Patients-With-Unknown-Viruses.html).

2. Podwyższone wartości D-dimerów i płucna choroba zakrzepowo-zatorowa, powikłanie obserwowane w COVID-19, stwierdzono również u trzech z sześciu górników w 2012 roku (7). Zastosowanie heparyny, warfaryny i leków przeciwzakrzepowych było skuteczne w leczeniu schorzeń układu oddechowego u czwartego górnika. Podobnie w przypadku COVID-19 poważnym powikłaniem była choroba zakrzepowo-zatorowa płuc i krzepnięcie krwi.

3. Limfocytopenia, czyli mała liczba limfocytów, to kolejna powszechna cecha choroby wirusowej, powszechna zarówno w przypadku zapalenia płuc górników, jak i COVID-19.

4. Podobieństwo w leczeniu: Górnikom podawano leki przeciwwirusowe, sterydy, wentylację mechaniczną, antybiotyki (do leczenia wtórnych infekcji bakteryjnych) i leki przeciwgrzybicze (do leczenia wtórnych infekcji grzybiczych). Leki przeciwzakrzepowe, takie jak warfaryna, heparyna, podano również pacjentowi 4, który skutecznie wyzdrowiał. Bardzo podobne terapie stosuje się w leczeniu COVID-19, w którym podaje się szereg leków przeciwwirusowych, sterydów, leków rozrzedzających krew, antybiotyków i leków przeciwgrzybiczych (w połączeniu z wtórnymi infekcjami).

5. Podwyższone białko Amyloidu A w surowicy: jest markerem stanu zapalnego, który wykazuje charakterystycznie wysokie wartości w przypadkach infekcji wirusowej. Wysoka wartość SAA lub tendencja wzrostowa jest wskaźnikiem złego rokowania w przypadku COVID-19 (15). W zapaleniu płuc górników ten marker wykazywał wysokie początkowe wartości u pierwszych czterech pacjentów w poważnym stanie, a później wykazywał w niektórych przypadkach wartości szczytowe do 1000-1200 mg/l. Szczegóły podobieństw podano w Materiale uzupełniającym B i C.

Na podstawie szczegółowych dowodów przedstawionych w pracy magisterskiej (7) i w pracy doktorskiej (9) oraz w przedstawionej tutaj dyskusji nie sądzimy, aby grzyb był główną przyczyną choroby. Dr Nanshan przewidział, że choroba górników będzie pierwotnym śródmiąższowym wirusowym zapaleniem płuc (wysokie prawdopodobieństwo) z inwazyjną aspergilozą jako wtórną infekcją (stan powszechnie obserwowany w COVID-19) (16). Uważamy, że gdyby to była choroba grzybicza, to tylko środki przeciwgrzybicze mogłyby ją wyleczyć. Powikłania naczyniowe, takie jak podwyższony poziom D-dimerów i choroba zakrzepowo-zatorowa, nie są powszechne w chorobie grzybiczej i obserwowano je w przypadku choroby górników i COVID-19 (14). Podwyższone SAA (amyloid A w surowicy) i obniżone limfocyty wskazują na to, że było to pierwotne wirusowe zapalenie płuc (Materiał uzupełniający C).

Pytania

Jak już wspomniano, pobrane od górników próbki zostały wysłane do WIV w celu przeprowadzenia testów SARS Ab (7, 9), do tego samego instytutu, który również prowadził nadzór nad koronawirusami nietoperzy w szybie kopalni Mojiang (10). Związek między podobnym do SARS CoV (4991/RaTG13) z kopalni, w której wystąpiły śmiertelne przypadki zapalenia płuc, nie został jeszcze omówiony w pracach naukowych laboratorium WIV przed lutym 2020.

Jesteśmy ciekawi, jakie próbki otrzymał WIV z kopalni Mojiang. Są też inne pytania, takie jak - czy próbki są nadal przechowywane w WIV i czy są dostępne do badań przez innych badaczy.

Szczególnie cenna byłaby również wiedza, czy wyizolowano jakiekolwiek wirusy i czy z tych próbek jest dostępne DNA/RNA.

Warto również wiedzieć, czy na próbkach górników i dostępnych sekwencjach przeprowadzono PCR. Według pracy doktorskiej Huanga czterech górników uzyskało wynik pozytywny w teście Ab przeciwko SARS-podobnemu CoV (Materiał uzupełniający).

Pozostają jednak dalsze pytania dotyczące tego, który antygen został użyty do wykrycia Ab u pacjentów z zapaleniem płuc i jaki był dokładny protokół zastosowany.

Dlaczego te informacje nie są dostępne w żadnym z badań seroprewalencji WIV?

Dlaczego przypadki ciężkiego zapalenia płuc w 2012 r. nie zostały wymienione w żadnej z publikacji WIV przed 2020 rokiem?

Czy z próbek kału nietoperzy zebranych w latach 2012–2013 wyizolowano jakikolwiek CoV podobny do SARS?

Dlaczego przypadki zapalenia płuc u górników Mojiang w 2012 roku nie zostały zgłoszone żadnej agencji zdrowia publicznego, takiej jak WHO?

Dlaczego programy takie jak PREDICT nie wspominają o śmiertelnych przypadkach zapalenia płuc jako mini-epidemiach?

Czy szyb kopalniany w Mojiang był zamknięty, kiedy? Według literatury w okresie od 2012 r. do października 2014 r. do kopalni Mojiang udały się trzy grupy badawcze (5, 9, 10). Kopalnia została szybko zamknięta, jak podał  Qiu J. (2).

Dlaczego kopalnia Mojiang była odwiedzana przez naukowców do października 2014 roku?

Pozostają również pytania - dlaczego w wywiadzie dla „Scientific American” dr Shi przypisała wybuch epidemii w Mojiang grzybowi.

Czy kopalnia była otwarta dla badaczy i czy po 2014 roku przywieziono jakieś próbki?

Czy któryś z badaczy, którzy odwiedzili szyb kopalni Mojiang, został zarażony jakimkolwiek koronawirusem w latach 2012-2019?

Czy są dostępne sekwencje całego genomu dla CoV podobnego do SARS pochodzącego z tej kopalni?

Dlaczego baza danych patogenów (http://www.viruses.nsdc.cn/chinavpi/) powiązana z projektem (2013FY113500) (10) nie jest już dostępna?

Wnioski

Uderzające podobieństwa między przypadkami zapalenia płuc Mojiang a COVID-19 są godne uwagi, podobnie jak fakt, że RaTG13/CoV4991 - kolejny genomowy krewny SARS-CoV-2, został znaleziony w tym samym szybie kopalnianym.

Praca magisterska autorstwa Li Xu stwierdza, że zapalenie płuc u górników było spowodowane podobnym do SARS CoV z podkowca. Zdalna konsultacja i diagnoza przez wybitnego pulmonologa w Chinach, dr. Nanshana, uwiarygodnia rozpoznanie przypadków zapalenia płuc w 2012 roku.

Chociaż nie możemy powiedzieć, że RaTG13 lub SARS-CoV-2 zainfekowały górników, istnieje duża szansa, że może to być wirus o podobnym składzie genetycznym do tych dwóch. Zbieg okoliczności między chorobą górników Mojiang w 2012 roku, kolejnym pobraniem próbek i znalezieniem najbliższego krewnego SARS-CoV-2 z tej jednej kopalni, uzasadnia dalsze badania, a dane wraz z pełną historią tego incydentu byłyby nieocenione w kontekście obecną pandemię.

Oświadczenie o dostępności danych

Wszystkie zbiory danych przedstawione w niniejszym opracowaniu są zawarte w artykule i w Materiale uzupełniającym.

Udział autorów

M. Rahalkar: konceptualizacja. M. Rahalkar i R. Bahulikar: pisanie artykułu. Obaj autorzy sprawdzili i zatwierdzili wersję ostateczną.

Konflikt interesów

Autorzy deklarują, że badanie zostało przeprowadzone przy braku jakichkolwiek powiązań handlowych lub finansowych, które mogłyby być odebrane jako potencjalny konflikt interesów.

Podziękowania

Dziękujemy dr. Luigi Warren, CA, USA, za ważne dyskusje naukowe (@luigi_warren). Dziękujemy również @TheSeeker268 za znalezienie i udostępnienie linków do pracy magisterskiej Li Xu (2013) oraz pracy doktorskiej Canpinga Huanga (2016), które zostały wydane w języku chińskim. Jesteśmy również bardzo wdzięczni Twitterowej grupie DRASTIC (Decentralized Radical Autonomous Search Team Investigating COVID-19) za bezcenne dyskusje, które przyczyniły się do napisania tego artykułu, w szczególności @BillyBostickson, @franciscodeasis @AntGDuarte @Real_Adam_B, @DrAntoniSerraT1, @KevinM , @internetperson1 i @Ersa Flavikins. Dziękujemy dr. Rossannie Segreto za ważne sugestie i dr. Jonathanowi Lathamowi z bioscienceresource.org za zorganizowanie tłumaczenia pracy magisterskiej i udostępnienie linku do profesjonalnego tłumaczenia. Dziękujemy również @franciscodeasis za tłumaczenie odpowiednich rozdziałów w pracy doktorskiej Huanga. W szczególności chcielibyśmy podziękować profesorowi Anandowi Rahalkarowi, doktorowi radiologii, Bharti Vidyapeeth Medical College, Pune, Indie, za przejrzenie zdjęć rentgenowskich i skanów CT z pracy magisterskiej Li Xu (2013). W szczególności dziękujemy recenzentom i redakcji za cenne uwagi. Wcześniejsza wersja artykułu została opublikowana jako pre-print 24 maja 2020 r. pod adresem [https://www.preprints.org/manuscript/202005.0322/v2], Rahalkar i Bahulikar (8).

Materiał uzupełniający

Materiał uzupełniający do tego artykułu można znaleźć na stronie:

 https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fpubh.2020.581569/full#supplementary-material

Bibliografia

1. Zhou P, Yang XL, Wang XG, Hu B, Zhang L, Zhang W, et al. "A pneumonia outbreak associated with a new coronavirus of probable bat origin". Nature. (2020) 579:270–3. doi: 10.1038/s41586-020-2012-7

2. Qiu J. "How China's “bat woman” hunted down viruses from sars to the new coronavirus". Scientific American (2020) 322:24–32. doi: 10.1038/scientificamerican0620-24

3. Latinne A, Hu B, Olival KJ, Zhu G, Zhang L, Li H, et al. "Origin and cross-species transmission of bat coronaviruses in China". Nature Communications (2020) 11:4235. doi: 10.1038/s41467-020-17687-3

4. Stone R. "A new killer virus in China?" Science. (2014). Dostępny na stronie internetowej: 

https://www.sciencemag.org/news/2014/03/new-killer-virus-china

5. Wu Z, Yang L, Yang F, Ren X, Jiang J, Dong J, et al. "Novel henipa-like virus, mojiang paramyxovirus in rats, China, 2012". Emerging Infect Diseases (2014) 20:1064–6. doi: 10.3201/eid2006.131022

6. Rissanen I, Ahmed AA, Azarm K, Beaty S, Hong P, Nambulli S, et al. "Idiosyncratic Mojiang virus attachment glycoprotein directs a host-cell entry pathway distinct from genetically related henipaviruses". Nature Communication (2017) 8:16060. doi: 10.1038/ncomms16060

7. Xu L. "The analysis of 6 patients with severe pneumonia caused by unknown viruses" (Master's Thesis). The First Clinical Medical College of Kunming Medical University, Kunming Medical University, Kunming, China (2013). http://eng.oversea.cnki.net/Kcms/detail/detail.aspx?filename=1013327523.nh&dbcode=CMFD&dbname=CMFD2014

8. Rahalkar M. C., Bahulikar R. A. "Understanding the origin of ‘BatCoVRaTG13', a virus closest to SARS-CoV-2". Preprints. (2020) 2020050322. doi: 10.20944/preprints202005.0322.v1

9. Huang C. "Novel virus discovery in bat and the exploration of receptor of bat coronavirus HKU9" (PhD Thesis). National Institute for Viral Disease Control and Prevention, Beijing: China (2016). Dostępny na:

http://eng.oversea.cnki.net/kcms/detail/detail.aspx?dbcode=CDFD&QueryID=11&CurRec=1&dbname=CDFDLAST2018&filename=1017118517.nh&UID=WEEvREcwSlJHSldTTEYzWEpEZktmRXB3Sm9JeHRKZExVOG5ySkJjK0xHMD0%3d%249A4hF_YAuvQ5obgVAqNKPCYcEjKensW4IQMovwHtwkF4VYPoHbKxJw!!&autoLogin=0

10. Ge XY, Wang N, Zhang W, Hu B, Li B, Zhang YZ, et al. "Coexistence of multiple coronaviruses in several bat colonies in an abandoned mineshaft". Virologica Sinica. (2016) 31:31–40. doi: 10.1007/s12250-016-3713-9

11. Yua P, Hua B, Zhengli S, Cuia J. "Geographical structure of bat SARS-related coronaviruses". Infection Genetics and Evolution (2019) 2019:224–9. doi: 10.1016/j.meegid.2019.02.001

12. Cohen J. "Wuhan coronavirus hunter Shi Zhengli speaks out". Science. (2020) 369:487–8. doi: 10.1126/science.369.6503.487

13. Shi H, Han X, Jiang N, Cao Y, Alwalid O, Gu J, et al. "Radiological findings from 81 patients with COVID-19 pneumonia in Wuhan, China: a descriptive study". Lancet. (2020) 20:425–34. doi: 10.1016/S1473-3099(20)30086-4

14. Huang C, Wang Y, Li X, Ren L, Zhao J, Hu Y, et al. "Clinical features of patients infected with 2019 novel coronavirus in Wuhan, China". Lancet. (2020) 395:497–506. doi: 10.1016/S0140-6736(20)30183-5

15. Li H, Xiang X, Ren H, Xu L, Zhao L, Chen X, et al. "Serum amyloid A is a biomarker of severe coronavirus disease and poor prognosis". Journal of Infection (2020) 80:646–55. doi: 10.1016/j.jinf.2020.03.035

16. Johns S. "COVID-19 Patients Could be at Greater Risk of Fungal Infections, Researchers Say". London: Imperical College London (2020).

Copyright © 2020 Rahalkar and Bahulikar.

Korespondencja: Monali C. Rahalkar, monalirahalkar@aripune.org

Dlaczego Chiny i WHO nigdy nie znajdą pochodzenia odzwierzęcego dla wirusa COVID-19

[Jonathan Latham, PhD and Allison Wilson, PhD "Why China and the WHO Will Never Find a Zoonotic Origin For the COVID-19 Pandemic Virus", publikacja w: "Jonathan Latham Science Writings", 19 lutego 2021]

W Chinach popularny jest żart o południowym mieście Guangzhou (prowincja Kanton). Odwiedzający Chiny kosmita, ciekawy chińskich zwyczajów, zwiedza jego różne prowincje. Przybywając do Kantonu kosmita pyta miejscowych, jakie są ich zainteresowania. Kantończycy zmuszają swojego gościa do wejścia do kotła z zupą, gotują ją i zjadają gościa. Ten żart opiera się na zamiłowaniu Kantończyków do gotowania z dodatkiem niezwykłych gatunków roślin i zwierząt, wielu pozyskiwanych z trudem z dalekich stron. 

Ta cecha kuchni Kantonu była zamieszana w pierwotną pandemię SARS (Severe Acquired Respiratory Syndrome - ciężki ostry zespół oddechowy) z lat 2002-04, która rozpoczęła się właśnie w Guangzhou. Uważa się, że wirus dotarł tam z łaskunami palmowymi (gatunek drapieżnego ssaka), sprowadzanymi do dań specjalnych (Wang i in., 2005).

Ale to kulinarne połączenie oznacza również definiującą różnicę między pierwszą pandemią koronawirusa SARS, a obecną. Pandemia COVID-19 (SARS-CoV-2) rozpoczęła się w Wuhan, ale Wuhan uznano za stosunkowo mało prawdopodobną lokalizację naturalnego (zoonotycznego - odzwierzęcego) rozprzestrzeniania się koronawirusa (Yu i in., 2019). Nie ma w tym mieście geograficznych, klimatycznych, a nawet kulturowych czynników, predysponujących do rozprzestrzeniania się tam wirusa SARS-CoV-2.

Na przykład, będąc dość daleko na północy, nietoperze nie występują licznie w Wuhan, a prowincja Hubei, której stolicą jest Wuhan, ma niewiele koronawirusów nietoperzy w porównaniu z takimi ogniskami, jak w Yunnan i Guangdong (Yu i in., 2019). W przeciwieństwie do Kantonu Wuhan nie słynie z egzotycznych potraw. Wuhan nie leży też blisko rejonów Chin, skąd pochodzą zwierzęta z handlu i przemytu (Li i in. 2019). Z tego powodu naukowcy z Instytutu Wirusologii w Wuhan (WIV), który jest głównym podejrzanym w różnych teoriach dotyczących wycieków laboratoryjnych, musieli w większości podróżować tysiące kilometrów, aby znaleźć nietoperze z koronawirusami (Yu i in., 2019) . Co więcej, gdy badacze WIV musieli zbadać grupę populacji Chin, która nie była rutynowo narażona na koronawirusy nietoperzy (jako grupa kontrolna), wybrali mieszkańców Wuhan (Wang i in. 2018; Li i in. 2019).

W związku z tym, jeśli SARS-CoV-2 ma pochodzenie odzwierzęce, pozostaje tajemnicą, dlaczego COVID-19 miałby pojawić się tam, gdzie się pojawił. Jak Zheng-li Shi, szefowa badań nad koronawirusem w WIV, powiedziała magazynowi „ Scientific American” w marcu 2020 r.: „Nigdy nie spodziewałem się, że coś takiego wydarzy się w Wuhan w środkowych Chinach”.

Jakie jest prawdopodobieństwo wybuchu w Chinach epidemii koronawirusa odzwierzęcego, która miałaby zacząć się w Wuhan?

Jest możliwe i będzie pomocne w dalszych rozważaniach, aby wyrazić zaskoczenie Zheng-li Shi w liczbach. Liczby mogą dokładniej pokazać niedorzeczność wybuchu epidemii w Wuhan. Jednak przed ich użyciem ważne jest określenie wymaganych założeń, aby liczby te można było traktować z odpowiednią ostrożnością.

Taka kalkulacja wymaga, abyśmy na chwilę odłożyli na bok wszystkie zróżnicowane, potencjalnie ważne, ale trudne do oszacowania i w większości nieznane czynniki lokalne, takie jak te wymienione powyżej, które mogą zmniejszać lub zwiększać prawdopodobieństwo powstania źródła epidemii w pewnych lokalizacjach i wśród pewnych populacji (szersze omówienie tych czynników patrz np. Graham et al., 2013).

Biorąc pod uwagę te zastrzeżenia i wiedząc, że (1) nietoperze i inne zwierzęta, które są nosicielami koronawirusów, występują praktycznie na całym świecie, oraz (2) populacja Wuhan wynosi 11 milionów, a (3) globalna populacja świata wynosi 7 miliardów, możemy obliczyć prawdopodobieństwo, że Wuhan będzie epicentrum naturalnej pandemii koronawirusa odzwierzęcego - szansa, że osoba z Wuhan będzie pacjentem zero, wynosi około 1 na 630.

Dlatego gdybyśmy byli Zheng-li Shi, „nigdy nie spodziewalibyśmy się” naturalnej epidemii zoonotycznej w Wuhan. Proszę wyobrazić sobie jej i jej kolegów zaskoczenie, gdy w grudniu 2019 r. dowiedzieli się o lokalnej epidemii koronawirusa. Oni (i inni badacze) podróżują po całym świecie, nie tylko w Chinach, w poszukiwaniu koronawirusów, ale pod samym ich nosem wybucha pandemia w Wuhan. Naprawdę jest bardzo, bardzo mało prawdopodobne, aby naturalna pandemia odzwierzęca zaczęła się w Wuhan. Jednak wydaje się, że żaden medialny komentator epidemii nie przyjął do wiadomości i nie uświadomił sobie prawdziwej skali tego nieprawdopodobieństwa.

Drugi zbieg okoliczności to zbieg okoliczności ewolucyjny

Ale w rzeczywistości istnieje jeszcze drugi zbieg okoliczności, dotyczący źródła pochodzenia pandemii COVID19. Ten zbieg okoliczności najwyraźniej został całkowicie zignorowany; ale zbyt mocno wskazuje na pochodzenie laboratoryjne. Podstawowa logika jest dość prosta i ma związek z ewolucją koronawirusów.

Laboratorium badaczki Zheng-li Shi w Wuhan jest światowym centrum badań nad koronawirusem. Często się o tym mówi i fakt ten jest powszechnie znany. W szczególności Instytut Wirusologii w Wuhan jest wiodącym na świecie miejscem gromadzenia koronawirusa nietoperzy (a wirus pochodzi od nietoperza). Ale to, co nie zostało wyeksponowane na pierwszym planie, jest to, że nawet w obrębie koronawirusów, jakimi laboratorium Zheng-li Shi dysponuje, spośród 28 odpowiednich do badań gatunków koronawirusów wybrano tylko jeden z nich jako swój szczególny cel. I jest to przedstawiciel gatunku, zwanego „koronawirusami związanymi z SARS”, który właśnie wybuchł w Wuhan w 2019 roku.

Jest to zatem kolejny ciekawy zbieg okoliczności: aby pandemiczny koronawirus (SARS-CoV-2) pojawił się w Wuhan i był przedstawicielem gatunku, od wielu lat najczęściej badanego w Instytucie Wirusologii w Wuhan.

Logika pandemii koronawirusa

Pełniejsze zrozumienie tego zbiegu okoliczności wymaga wizualizacji ewolucji koronawirusa i zrozumienia programu badawczego w instytucie WIV.

Koronawirusy dzielą się na cztery typy: koronawirusy alfa, beta, gamma i delta. Są one pokazane na rys. 1, jako tak zwane drzewo filogenetyczne (ewolucyjne), zaadaptowane z artykułu Li et al., 2020. 

Spośród tego drzeZ tego wa filogenetycznego tylko koronawirusy alfa (różowe) i beta (zielone) będą tutaj brane pod uwagę. Dzieje się tak, ponieważ koronawirusy gamma (żółty) i delta (niebieski) są nieliczne, o których nie wiadomo, czy zarażają ludzi, a zatem są wątpliwe.

Od lutego 2020 r., kiedy Li i in. stworzyli ten wykres, było 28 gatunków alfa- i betakoronawirusów. (Uwaga: gatunki nie są dokładnie położone na liniach wykresu, bowiem niektóre gatunki mają wielu przedstawicieli.)

Ważne jest jednak wziąć pod uwagę, że nie mamy powodu przypuszczać, że pandemiczny koronawirus mógł się wyłonić poza którąkolwiek gałęzią tego drzewa filogenetycznego. I rzeczywiście - ostatnim koronawirusem, który przeszedł na ludzi (przed 2019 rokiem), był MERS (zespół oddechowy Bliskiego Wschodu), z 2012 roku. MERS jest betakoronawirusem i był nieznanym gatunkiem, zanim zaczął zarażać ludzi. Zobacz zieloną strzałkę na rys. 2. Oryginalny wirus SARS był również nieznany jako gatunek w czasie, gdy pojawił się jako ludzki patogen w 2002 roku. 

Ta nieprzewidywalność wynika również z dokonanego przez Zheng-li Shi wyboru „choroby X”. W 2018 r. WHO ogłosiła listę dyskusyjną priorytetowych dla zbadania chorób pandemicznych, w tym Eboli, gorączki doliny Rift i innych wirusów. Oprócz tych znanych chorób WHO poprosiła ekspertów o nominację nieznanego obecnie kandydata. Zheng-li Shi zaproponowała, że: „Choroba X może być przenoszolną chorobą zakaźną, wywołaną przez nowego koronawirusa, pochodzącego od nietoperzy” (Jiang i Shi, 2020). Innymi słowy, nie przewidziała nic bliżej określonego niż to, że następna pandemia zostanie wywołana przez alfa- lub betakoronawirusa.

Pozornie losowy charakter rozprzestrzeniania się koronawirusa na ludzi jest również widoczny na rysunku 3. Rysunek ten przedstawia wszystkie sześć ludzkich koronawirusów zidentyfikowanych przed tą pandemią. Są to (od góry rysunku): HCoV-NL63, HCoV-229E, MERS, SARS, HCoV-OC43 i HCoV-HKU1. Każdy z tych sześciu koronawirusów oznaczony jest zielonymi strzałkami, z wyjątkiem SARS, który reprezentowany jest przez czarną strzałkę. Wykres ten pokazuje, że ludzkie koronawirusy są szeroko rozpowszechnione w drzewie genealogicznym koronawirusów. Oznacza to, że poprzednie rozprzestrzenianie się na ludzi miało miejsce w różnych i pozornie losowych punktach drzewa koronawirusa i dotyczyło zarówno alfa-, jak i betakoronawirusów. 

Wybuch epidemii SARS-CoV-2

Odpowiedź brzmi, gdyby to było naturalny lub półnaturalny (tj. choroba odzwierzęca) wybuch epidemii – z przypadkowego miejsca na tym drzewie, to mógł to być alfakoronawirus albo betakoronawirus. Mógłby to nawet być, podobnie jak MERS i SARS, nowy gatunek, ponieważ prawdopodobnie wciąż istnieje wiele nieodkrytych gatunków koronawirusów. Kluczowe jest to, że szansa na wybuch epidemii każdego z tych gatunków jest, o ile ktokolwiek wie, pozornie równa.

Więc gdzie, mówiąc filogenetycznie, pojawił się SARS-CoV-2? Odpowiedź pokazano na rycinie 4 (poniżej), na której czerwona strzałka wskazuje miejsce pojawienia się SARS-CoV-2.

Wirus ten wyłonił się z tego samego gatunku co oryginalny SARS, stąd jego nazwa. Jak wspomniano powyżej, ten konkretny gatunek jest znany taksonomom jako „koronawirusy związane z SARS”, po jego ówczesnym najbardziej znanym przedstawicielu (Coronavirus Study Group of the International Committee on Taxonomy of Viruses - Grupa Badawcza Koronawirusa Międzynarodowego Komitetu Taksonomii Wirusów, 2020).

Jak wspomniano, z perspektywy zoonotycznej nic nie wydaje się szczególnego w grupie koronawirusów związanych z SARS. Stąd pojawienie się drugiego wirusa pandemicznego z tego samego gatunku koronawirusa stanowi drugi zaskakujący zbieg okoliczności. Możemy ponownie obliczyć jego prawdopodobieństwo. Jeśli każdy gatunek alfa- i betakoronawirusa ma jednakowe prawdopodobieństwo przeniesienia się na ludzi, co jest zgodne z naszym rozumieniem, to prawdopodobieństwo, że wirus z gatunku koronawirusa związanego z SARS wywoła pandemię zoonotyczną wynosi 1 do 28 (A jeżeli istnieją jeszcze nieodkryte gatunki koronawirusa – co jest całkiem pewne – liczba ta będzie jeszcze większa).

To zbieg okoliczności, który - podobnie jak pojawienie się tego wirusa w Wuhan, mocno sprzyja hipotezie o jego wypuszczeniu z laboratorium, jeśli weźmiemy pod uwagę specyfikę programu badawczego koronawirusa w WIV, który przedstawiamy poniżej.

Chińskie badania nad koronawirusami związanymi z SARS

Rozważmy poniższą listę tytułów publikacji, z których wiele jest akceptowanych do publikacji przez prestiżowe czasopisma, w okresie od 2005 roku do początku pandemii pod koniec 2019 roku. Wszystkie są autorstwa Zheng-li Shi. Te osiemnaście artykułów naukowych stanowi główny przedmiot jej opublikowanych prac. Łączy je to, że w nich wszystkich użyte zostało określenie „koronawirus podobny do SARS” lub później - „koronawirus związany z SARS”, albo jego bliski wariant (wszystkie one podane są poniżej pogrubionym tekstem). Wyrażenia te należy rozumieć jako terminy techniczne. Oznaczają wirusy niezwykle blisko spokrewnione z SARS i tylko w odległy sposób spokrewnione z innymi koronawirusami:

1. ‘Bats Are Natural Reservoirs of SARS-like Coronaviruses‘ (2005);

2. ‘Full-length genome sequences of two SARS-like coronaviruses in horseshoe bats and genetic variation analysis’ (2006);

3. ‘Evidence of the recombinant origin of a bat severe acute respiratory syndrome (SARS)-like coronavirus and its implications on the direct ancestor of SARS coronavirus’ (2008);

4. ‘Difference in Receptor Usage between Severe Acute Respiratory Syndrome (SARS) Coronavirus and SARS-Like Coronavirus of Bat Origin’ (2008);

5. ‘Virus-like particles of SARS-like coronavirus formed by membrane proteins from different origins demonstrate stimulating activity in human dendritic cells’ (2008);

6. ‘Immunogenicity difference between the SARS coronavirus and the bat SARS-like coronavirus spike (S) proteins’ (2009);

7. ‘Intraspecies diversity of SARS-like coronaviruses in Rhinolophus sinicus and its implications for the origin of SARS coronaviruses in humans’ (2010);

8. ‘Immunogenicity of the spike glycoprotein of Bat SARS-like coronavirus‘ (2010);

9. ‘Bat severe acute respiratory syndrome-like coronavirus ORF3b homologues display different interferon antagonist activities’ (2012);

10. ‘Identification of immunogenic determinants of the spike protein of SARS-like coronavirus‘ (2013);

11. Isolation and characterization of a bat SARS-like coronavirus that uses the ACE2 receptor (2013);

12. ‘A SARS-like cluster of circulating bat coronaviruses shows potential for human emergence’ (2015);

13. ‘Bat severe acute respiratory syndrome-like coronavirus WIV1 encodes an extra accessory protein, ORFX, involved in modulation of the host immune response’ (2016);

14. Longitudinal surveillance of SARS-like coronaviruses in bats by quantitative real-time PCR’ (2016);

15. ‘Cross-neutralization of SARS coronavirus-specific antibodies against bat SARS-like coronaviruses‘ (2017);

16. ‘Discovery of a rich gene pool of bat SARS-related coronaviruses provides new insights into the origin of SARS coronavirus’ (2017);

17. ‘Serological evidence of bat SARS-related coronavirus infection in humans, China’ (2018);

18. ‘Geographical structure of bat SARS-related coronaviruses‘ (2019).

Lista ta pokazuje, że podczas gdy Zheng-li Shi w instytucie WIV skupiła się na gromadzeniu wirusów, to przede wszystkim poświęciła swoje badania na zrozumienie odzwierzęcego przeniesienia wirusa na ludzi, jednego tylko jednego gatunku: koronawirusów związanych z SARS.

Tak więc, podczas gdy w większości dyskusji na temat potencjalnej ucieczki z laboratorium wspominano, że SARS-CoV-2 pojawił się w odległości dojazdu miejską komunikacją do WIV i że naukowcy z WIV pracowali nad koronawirusami nietoperzy, nikt nie wspomniał, że zbieg okoliczności jest znacznie większy. Zheng-li Shi skoncentrowała się, zwłaszcza w swoich potencjalnie wysoce ryzykownych badaniach molekularnych, na konkretnym gatunku koronawirusa, który jest właśnie odpowiedzialny za pandemię.

Jest prosty powód skupienia się na tym gatunku koronawirusa. Pierwotna epidemia SARS z lat 2002-2004 miała duży wpływ na Chiny. Odnalezienie pochodzenia, wyjaśnienie wirusa SARS i jego objawów oraz zapobieganie powtórkom stało się głównymi priorytetami badawczymi dla chińskich naukowców.

Dla porządku należy stwierdzić, że w okresie 2005-2019 Zheng-li Shi opublikowała artykuły na temat innych gatunków koronawirusów, na przykład na temat MERS, a nawet na temat niektórych innych wirusów niż koronawirusy; ale artykuły te były zwykle jednorazowe (bez kontynuacji) i współautorskie z innymi laboratoriami. Zdecydowana większość jej dorobku i dominujący temat jej badań polegał na zbieraniu i manipulowaniu koronawirusami związanymi z SARS, w celu określenia możliwości rozprzestrzeniania się tej grupy wirusa na ludzi.

Tak więc, jeśli przyjmie się za uzasadnione powyższe założenia, prawdopodobieństwo, że Wuhan byłby miejscem wybuchu epidemii koronawirusa związanego z SARS drogą naturalną, uzyskuje się przez pomnożenie 1 na 630 przez 1 na 28. Szansa, że ​​Wuhan będzie gospodarzem epidemii koronawirusa związanego z SARS wynosi zatem 17640-1.

Niewątpliwie zostanie wygłoszona krytyka, że ​​opisane tutaj dowody geograficzne i filogenetyczne są poszlakami – zaledwie zwykłymi zbiegami okoliczności. Ale krytyka dowodów jako poszlakowych opiera się na powszechnym logicznym nieporozumieniu – że poszlaki stanowią specjalną kategorię dowodów. Jak argumentował po raz pierwszy filozof David Hume, wszystkie dowody na związek przyczynowy składają się ze zbiegów okoliczności. Jedyne, co może zrobić obserwator, to zsumować zbiegi okoliczności, dopóki nie domyśli się, że próg uzasadnionych wątpliwości został przekroczony. Wnioski są zawsze tymczasowe, ale wobec braku dowodów przeciwnych, każdy otwarty na perswazję powinien w tym miejscu dojść do wniosku, że prawdopodobieństwo 17640-1 znacznie przekracza ten próg. Pozwolenie na ucieczkę lub ogólnie ucieczka z laboratorium powinna w tym momencie być hipotezą domyślną.

Taki wniosek został jeszcze bardziej potwierdzony przez wiele ważnych informacji, które pojawiły się od początku epidemii. Teraz już wiemy na przykład, że w momencie wybuchu epidemii Zheng-li Shi i jej współpracownicy mieli w swoich zamrażarkach próbkę wirusa znaną jako RaTG13. Spośród wszystkich znanych koronawirusów, w tym koronawirusów związanych z SARS, RaTG13 jest zdecydowanie najbliższym krewnym SARS-CoV-2. Wiemy również, że Zheng-li Shi sugerowała, że nie badała aktywnie RaTG13 przed wybuchem epidemii (w: Zhou et al., 2020). Teraz wiemy, że to było fałszywe stwierdzenie i że badali wirusa RaTG13 od co najmniej 2017 roku. (vide: Zhou i in., addendum 2020). Te fakty ponownie nie potwierdzają naturalnego pochodzenia odzwierzęcego.

Brak teorii zoonotycznej

Gdyby istniała wiarygodna teoria pochodzenia odzwierzęcego dotycząca pojawienia się SARS-CoV-2, to powyższe obliczenia prawdopodobieństwa można byłoby uznać za dyskusyjne. Jednak pomimo znacznego zakresu dyskusji naukowej (np. Leitner i Kumar, 2020; Seyran i in. 2020; Sallard i in., 2020) oraz dochodzenia WHO, nadal nie ma żadnej merytorycznej teorii zoonotycznej, o której można by mówić. Węże, szczury bambusowe, łuskowce, norki, żółwie, psy, cywety, wieloryby i mrożone dorsze były w różnym czasie sugerowane jako wektory pośrednie, które mogły przenosić SARS-CoV-2 lub jego prekursorów do Wuhan; ale ani teoria, ani proksymalny wirus rozprzestrzeniający się, ani wiarygodny żywiciel pośredni tego wirusa nie zyskały znaczącego poparcia w środowiskach nauki. Doskonałym tego powodem jest to, że pomimo wyraźnie bardzo intensywnych poszukiwań, na wsparcie tych różnych teorii nadal brakuje danych je poftrzymujących (Sallard i in., 2020).

Najbardziej konkretną z tych teorii zoonotycznych i zdecydowanie najbardziej znaną jest teoria łuskowców (Manis javanica) (Anderson i in., 2020; Lam i in., 2020; Xiao i in., 2020). Proponuje się w niej, aby łuskowce przemycane z krajów na południe od Chin były nosicielami prekursorów koronawirusów pobranych od nietoperzy w Chinach, tym samym przenosząc je do Wuhan.

Jednakże nowo dostępne dowody sprawiły, że ten scenariusz jest nieprawdopodobny. Po pierwsze, łuskowce nie wydają się przecież naturalnie przenosić koronawirusów (Lee et al., 2020). Po drugie, teoria łuskowców opiera się w dużej mierze na sekwencjach wirusa uzyskanych z łuskowców skonfiskowanych w prowincji Guangdong na początku 2019 roku. Próba niezależnej weryfikacji tych sekwencji wirusa ujawniła, że ​​chociaż cztery publikacje (obecnie bardzo cytowane) omawiają lub opisują sekwencje koronawirusa łuskowca i dlatego wydają się potwierdzają powszechną obecność koronawirusów w pangolinach, zsekwencjonowano tylko jeden genom wirusa (Chan i Zhan, 2020). W artykułach Xiao i in. (2020) oraz Liu i in. (2020) zmieniono jedynie nazwę i rekonfigurowano informacje o sekwencji, wygenerowanej przez Liu et al. 2019. Jest to ten sam zestaw danych dotyczących koronawirusa łuskowca, który omawiali Lam i in., 2020. Obecne myślenie, w świetle tych nowych dowodów jest takie, że przemycane łuskowce były „przypadkowym gospodarzem” koronawirusa. Oznacza to, że łuskowce prawdopodobnie złapały wirusa podczas przemytu (Chan i Zhan, 2020; Lee et al, 2020).

W wyraźnym przeciwieństwie do nieudanych prób kreślenia teorii zoonotycznych, istnieją cztery różne teorie pochodzenia laboratoryjnego wirusa SARS-CoV-2, które - jak można się było spodziewać, przyciągają w świecie nauki coraz większe zainteresowanie. Dwa są publikowane w literaturze naukowej (Sirotkin i Sirotkin, 2020; Segreto i Deigin, 2020). Trzeci sugeruje, że SARS-CoV-2 był nieudaną próbą opracowania szczepionki. Teoria ta została opracowana przez niezależną grupę badaczy internetowych o nazwie DRASTIC [Decentralized Radical Autonomous Search Team Investigating COVID-19]. Czwarta to nasza własna teoria przeniesienia wirusa od górników w Mojiang.

Ta ostatnia teoria wywodzi się z faktu, że wirusy w tej samej kopalni, w której pobrano próbkę RaTG13 (najbliższa sekwencja wirusa pokrewna SARS-CoV-2), spowodowały wybuch epidemii choroby w 2012 roku. W tej epidemii sześciu górników było hospitalizowanych z objawami podobnymi do COVID-19, a trzech zmarło (Rahalkar i Bahulikar, 2020). Wszyscy odgarniali guano nietoperzy i wtedy zdiagnozowano, że prawdopodobnie cierpią na nieznanego koronawirusa. Próbki od czterech hospitalizowanych górników zostały wysłane do WIV do testów. Do chwili obecnej istnieją sprzeczne twierdzenia dotyczące wyników tych testów i nic nie zostało formalnie opublikowane (Zhou i in. Addendum 2020). Teoria Mojiang Miners Passage sugeruje jednakże, że zanim dotarły do instytutu WIV, te pochodzące od pacjentów próbki zawierały wysoce zaadaptowanego ludzkiego wirusa, który następnie wydostał się z tego laboratorium.

Na chwilę obecną, niezależnie od twierdzeń z prowadzonego przez WHO śledztwa oraz od cenzury Facebooka, wszystkie te przypadkowe teorie pochodzenia laboratoryjnego wydają się nam wiarygodne, ale wszystkie pozostają niezbadane. Jednak nasza prognoza, oparta po prostu na ocenie prawdopodobieństwa, jest taka, że Chiny, WHO ani ktokolwiek inny nigdy nie odkryją przekonującego naturalnego pochodzenia odzwierzęcego pandemii – z tego prostego powodu, że takie nie istnieje.

Literatura źródłowa:

Andersen, K. G., Rambaut, A., Lipkin, W. I., Holmes, E. C., & Garry, R. F. (2020). The proximal origin of SARS-CoV-2. Nature medicine, 26(4), 450-452.

Chan, Y. A., & Zhan, S. H. (2020). Single source of pangolin CoVs with a near identical Spike RBD to SARS-CoV-2. BioRxiv.

S. G. of the International Committee on Taxonomy of Viruses (2020). The species Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus: classifying 2019-nCoV and naming it SARS-CoV-2. Nature microbiology, 5(4), 536.

Graham, R. L., Donaldson, E. F., & Baric, R. S. (2013). A decade after SARS: strategies for controlling emerging coronaviruses. Nature Reviews Microbiology, 11(12), 836-848.

Jiang, S., & Shi, Z. L. (2020). The first disease X is caused by a highly transmissible acute respiratory syndrome coronavirus. Virologica Sinica, 35(3), 263-265.

Lam, T. T. Y., Jia, N., Zhang, Y. W., Shum, M. H. H., Jiang, J. F., Zhu, H. C., … & Cao, W. C. (2020). Identifying SARS-CoV-2-related coronaviruses in Malayan pangolins. Nature, 583(7815), 282-285.

Lee, J., Hughes, T., Lee, M. H., Field, H., Rovie-Ryan, J. J., Sitam, F. T., … & Daszak, P. (2020). No evidence of coronaviruses or other potentially zoonotic viruses in Sunda pangolins (Manis javanica) entering the wildlife trade via Malaysia. Ecohealth, 17(3), 406-418.

Leitner, T., & Kumar, S. (2020). Where did SARS-CoV-2 come from?. Molecular biology and evolution, 37(9), 2463-2464.

Li, H., Mendelsohn, E., Zong, C., Zhang, W., Hagan, E., Wang, N., … & Daszak, P. (2019). Human-animal interactions and bat coronavirus spillover potential among rural residents in Southern China. Biosafety and Health, 1(2), 84-90.

Li, B., Si, H. R., Zhu, Y., Yang, X. L., Anderson, D. E., Shi, Z. L., … & Zhou, P. (2020). Discovery of bat coronaviruses through surveillance and probe capture-based next-generation sequencing. Msphere, 5(1).

Liu, P., Chen, W., & Chen, J. P. (2019). Viral metagenomics revealed Sendai virus and coronavirus infection of Malayan pangolins (Manis javanica). Viruses, 11(11), 979.

Liu, P., Jiang, J. Z., Wan, X. F., Hua, Y., Li, L., Zhou, J., … & Chen, J. (2020). Are pangolins the intermediate host of the 2019 novel coronavirus (SARS-CoV-2)?. PLoS Pathogens, 16(5), e1008421.

Rahalkar, M. C., & Bahulikar, R. A. (2020). Lethal pneumonia cases in Mojiang miners (2012) and the mineshaft could provide important clues to the origin of SARS-CoV-2. Frontiers in public health, 8, 638.

Sallard, E., Halloy, J., Casane, D., Decroly, E., & van Helden, J. (2021). Tracing the origins of SARS-COV-2 in coronavirus phylogenies: a review. Environmental Chemistry Letters, 1-17.

Seyran, M., Pizzol, D., Adadi, P., El‐Aziz, T. M. A., Hassan, S. S., Soares, A., … & Brufsky, A. M. (2020). Questions concerning the proximal origin of SARS‐CoV‐2. Journal of Medical Virology.

Segreto, R., & Deigin, Y. (2020). The genetic structure of SARS‐CoV‐2 does not rule out a laboratory origin: SARS‐COV‐2 chimeric structure and furin cleavage site might be the result of genetic manipulation. BioEssays, 2000240.

Sirotkin, K., & Sirotkin, D. (2020). Might SARS‐CoV‐2 have arisen via serial passage through an animal host or cell culture? A potential explanation for much of the novel coronavirus’ distinctive genome. BioEssays, 42(10), 2000091.

Wang, M., Yan, M., Xu, H., Liang, W., Kan, B., Zheng, B., … & Xu, J. (2005). SARS-CoV infection in a restaurant from palm civet. Emerging infectious diseases, 11(12), 1860.

Wang, N., Li, S. Y., Yang, X. L., Huang, H. M., Zhang, Y. J., Guo, H., … & Shi, Z. L. (2018). Serological evidence of bat SARS-related coronavirus infection in humans, China. Virologica Sinica, 33(1), 104-107.

Xiao, K., Zhai, J., Feng, Y., Zhou, N., Zhang, X., Zou, J. J., … & Shen, Y. (2020). Isolation of SARS-CoV-2-related coronavirus from Malayan pangolins. Nature, 583(7815), 286-289.

Yu, P., Hu, B., Shi, Z. L., & Cui, J. (2019). Geographical structure of bat SARS-related coronaviruses. Infection, Genetics and Evolution, 69, 224-229.

Zhou, P., Yang, X. L., Wang, X. G., Hu, B., Zhang, L., Zhang, W., … & Shi, Z. L. (2020). A pneumonia outbreak associated with a new coronavirus of probable bat origin. Nature, 579(7798), 270-273.